Efter att ha hanterat demonerna från Shuras förflutna, återvänder Shura, Rin och Yukio till True Cross Academy. Medan Yukio återhämtar sig från sina sår, kommer Rin och hans vänner tillbaka till sina liv. Men problem uppstår när Illuminati fortsätter att föra fram sina planer. Lightning inleder en undersökning av Illuminati, med avsikt att gå till botten med saker och ting. Med Suguro i släptåg gräver han in i arkiven djupt nedanför True Cross Academy, där han kan avslöja hemligheter som begravdes där av en anledning...