Naruto är en ninja-i-träning vars vilda upptåg roar hans lagkamrater. Men han menar helt allvar med en sak: att bli världens största ninja! På Turtle Island förbereder sig Naruto och de allierade Shinobi-styrkorna för att attackera Kabuto och Madara. Men de möts av Kabutos horder av återupplivade ninjasoldater, och i stridens hetta inser Naruto och hans allierade vänner att de kommer öga mot öga med gamla vänner som kommit tillbaka från de döda!