Kodnamn Duet håller de grundläggande delarna av Kodnamn — ge ledtrådar med ett ord för att försöka få någon att identifiera dina agenter bland dem på bordet — men nu arbetar ni tillsammans som ett team för att hitta alla era agenter. (Varför du inte redan vet vilka dina agenter är är en fråga som kongressens utredare kommer att vända dig om senare!)
För att ställa in spelet, lägg ut 25 ordkort i ett 5×5 rutnät. Placera ett nyckelkort i hållaren så att varje spelare ser ena sidan av kortet. Varje spelare ser ett 5×5 rutnät på kortet, med nio av rutorna gröna (representerar dina agenter) och tre rutor färgade svarta (representerar lönnmördare). Tre av de nio rutorna på varje sida är också gröna på andra sidan, en lönnmördare är svart på båda sidor, en är grön på andra sidan och den andra är en oskyldig åskådare på andra sidan.
Tillsammans måste du avslöja alla femton agenterna – utan att avslöja en lönnmördare – innan tiden rinner ut för att vinna spelet. Båda spelarna kan bestämma sig för att ge den andra spelaren den första ledtråden med ett ord, tillsammans med ett nummer. Den som får ledtråden sätter ett finger på ett kort för att identifiera agenten. Om det stämmer kan de försöka identifiera en annan. Om de identifierar en åskådare tar deras gissningstid slut. Om de identifierar en lönnmördare förlorar ni båda! Till skillnad från vanliga kodnamn kan de fortsätta gissa så länge de fortsätter att identifiera en agent varje gång; detta är användbart för att gå tillbaka till tidigare ledtrådar och hitta de som de missat tidigare. Efter att den första ledtråden har getts, växlar spelarna med att ge ledtrådar.